電子処方箋の普及率｜医科診療所22.1％（令和7年9月）・薬局90.6％（2026年7月）の時点と数え方【2026年】

医科診療所の普及率は22.1％

医科診療所で電子処方箋の運用を始めた施設は、令和7年9月21日現在で18,424施設、22.1％です。これは令和7年9月29日の第5回電子処方箋推進会議の資料の数字で、医科診療所の割合として厚生労働省が公表しているもののうち、2026年10月時点で確かめられる最も新しい値です。

医科診療所は、利用申請までは約半数（48.8％）が進んでいる一方、運用開始は2割余りにとどまっています。

同じ資料では、令和7年1月5日時点の医科診療所の運用開始は7,935施設（9.6％）で、9月21日までの間に2倍以上に増えています。オンライン資格確認の導入施設213,301施設全体では、75,332施設（35.3％）が運用開始済みです。

割合の分母と「運用開始済み」の数え方

この割合は、オンライン資格確認を導入した施設のうち、電子処方箋の運用を始めた施設の割合です。資料の注記では、次のように定義されています。

• 利用申請済み: 医療機関等向け総合ポータルサイトで電子処方箋の利用規約に同意し、利用申請をした施設
• 運用開始済み: 電子処方箋の発行（または電子処方箋に基づく調剤）ができるようになる日（運用開始日）をポータルサイトに入力し、その日を過ぎた施設
• 施設割合: 上の施設数を、オンライン資格確認の導入施設数で割ったもの

分母は医科診療所すべてではなく、オンライン資格確認を導入した施設です。「運用開始済み」は運用開始日を入力した施設なので、実際に処方箋の情報を登録しているかどうかとは別の数字です。

薬局は90.6％

薬局の電子処方箋の導入率は、2026年7月5日時点で90.6％です。令和8年7月14日の厚生労働省の説明会資料によると、運用の準備をしている薬局も含めると93.1％で、薬局の調剤結果の登録率は94.3％（2026年6月の推計値）とされています。

同じ資料は、薬局の導入率が9割を超え、医療機関が発行する電子処方箋を受け付ける体制が整っているとしています。

導入しても登録していない医科診療所は41.6％

運用を始めていても、実際には使っていない医科診療所が多くあります。令和8年7月1日の第10回電子処方箋等検討ワーキンググループの資料は、令和8年3月以前に運用を始めた施設の、令和8年4月の利用状況を次のようにまとめています。

医科診療所は、運用を始めた施設のうち4割余りが、1か月の間に院外処方箋の情報を1度も登録していませんでした。資料は、こうした施設に、登録と、登録ごとに原則1回以上の重複投薬等チェックを促していくとしています。使われていない理由と定着の手順は導入したのに使われていない電子処方箋：定着の手順にまとめています。

対応施設のリスト（当方集計）

厚生労働省が公表している「電子処方せん対応の医療機関・薬局リスト」（2026年10月4日時点）を当方で区分ごとに数えると、医科（診療所）は27,070施設が載っていました。

このリストの数は、上の推進会議の資料とは時点も数え方も違うため、割合の比較には使えません。厚生労働省はリストの公表ページで、最新の導入・活用状況はデジタル庁の電子処方箋の導入状況に関するダッシュボードで確かめるよう案内しています。

国の目標は「電子カルテを整備するすべての医療機関」

電子処方箋の普及の目標は、令和7年7月1日の厚生労働省の推進チームの資料で新しいものが示されました。厚生労働省の資料では、それまでの目標は「概ね全国の医療機関・薬局に対し、2025年３月までに普及させる」で、医療機関への導入は1割程度にとどまっていたとしています。新しい目標は、患者の医療情報を共有するための電子カルテを整備するすべての医療機関への導入を目指す、というものです。

電子処方箋の導入費の補助は、令和8年9月29日のワーキンググループ資料で、医療機関について令和9年3月までの導入が対象に延長され、令和9年4月以降の扱いは改めて検討するとされています。上限額は電子処方箋の補助金：診療所の上限と導入期限に、院内処方の診療所の扱いは院内処方の診療所も電子処方箋の対象ににまとめています。

電子処方箋への対応を公式に記載している電子カルテ

電子処方箋を使うには、電子カルテ・レセコンの対応が要ります。掲載している電子カルテのうち、公式サイトで電子処方箋への対応を記載している製品は次のとおりです。

ほかの製品も含めて比べるときは電子カルテの比較を、無床診療所向けの情報は無床診療所向けのページを見てください。

よくある質問

電子処方箋の医科診療所の最新の普及率は何％ですか

厚生労働省が医科診療所の割合として公表している値のうち、2026年10月時点で確かめられる最も新しいものは22.1％（運用開始済み18,424施設、令和7年9月21日現在）です。分母はオンライン資格確認を導入した医科診療所83,467施設です。医療機関の種類別の導入状況は、デジタル庁のダッシュボードで確かめられます。

薬局の電子処方箋の導入率はどのくらいですか

2026年7月5日時点で90.6％です。厚生労働省の説明会資料では、運用の準備をしている薬局も含めると93.1％とされています。

運用開始済みなら実際に使われていると考えてよいですか

同じではありません。令和8年4月の状況では、令和8年3月以前に運用を始めた医科診療所21,517施設のうち8,954施設（41.6％）が、その月に院外処方箋の情報を1度も登録していませんでした。