電子処方箋の補助金｜診療所の上限27.1万円・35.9万円と導入期限（令和9年3月まで延長）【2026年】

電子処方箋の補助金とは

電子処方箋を使うには、電子カルテやレセプトコンピュータ（レセコン）の改修、資格確認用のカードリーダーの用意などが要ります。厚生労働省は、この導入費の一部を医療情報化支援基金から補助しています。補助の対象になる費用は、厚生労働省の資料で次の3つとされています。

診療所の上限額と補助率

診療所の補助は、どの区分も事業額の1/2で、上限は次のとおりです。

「追加機能」は、リフィル処方箋、口頭同意による重複投薬等チェック結果閲覧、マイナンバーカードによる電子署名対応、処方箋ID検索です。院内処方機能の後付けの10.8万円は、「電子処方箋の機能拡充の促進事業」として別に示されています。

病院（大規模病院・病院）は補助率1/3で、上限額も診療所と違います。この記事では診療所の数字だけを載せています。

導入期限は令和9年3月まで延長された

令和8年9月29日の第11回電子処方箋等検討ワーキンググループ（持ち回り開催）の資料は、補助の扱いを次のように変えるとしています。

• 医療機関: 補助の対象とする導入期限を令和9年3月まで延長し、施設への補助を続ける
• 薬局: 補助の対象とする導入期限は令和8年9月までで終わる
• 令和8年10月以降に導入する診療所: 上限額と補助率は9月までと同じ（27.1万円・35.9万円、いずれも1/2）

厚生労働省の電子処方箋のページに載っている「令和8年度の補助金に係る資料」は、2026年10月時点で「薬局の補助対象導入期限は令和8年9月まで」とだけ書いており、医療機関の延長はワーキンググループ資料の方に書かれています。

申請先と申請期限

補助金の申請は、医療機関等向け総合ポータルサイトから行います。厚生労働省の電子処方箋のページは、申請方法をポータルサイトの「電子処方箋管理サービス等関係補助金の申請について」で確かめるよう案内しています。

申請期限は、導入の時期や機能（院外処方機能・院内処方機能）によって分かれています。たとえば院内処方機能の概要案内（1.4版）は、院内処方機能を入れた場合の補助を令和9年1月15日までに総合ポータルサイトから申請するよう案内しています。申請の前に、医療機関等向け総合ポータルサイトの補助金のページで最新の期限と必要な書類を確かめてください。

院内処方の診療所も対象

院内処方の診療所も、院内処方機能を入れれば、院内で処方・調剤・投薬した情報（院内処方等情報）を電子処方箋管理サービスに登録できます。厚生労働省の院内処方機能の概要案内は、改訂履歴で2026年4月1日に「本格運用開始に伴う修正」をしたと記しています。補助では、院外処方機能と同時に入れる場合（上限35.9万円）と、導入済みの施設が後から追加する場合（上限10.8万円）が分かれています。なお、ワーキンググループ資料の令和8年10月以降の表には後から追加する場合の行が無く、10月以降の扱いはこの資料からは分かりません。

電子処方箋の発行・登録の体制は、令和8年6月に新設された電子的診療情報連携体制整備加算の施設基準の1つにもなっています。どの区分で何が要るかは電子的診療情報連携体制整備加算とはにまとめています。

令和9年4月以降の扱い

ワーキンググループ資料は、令和9年4月以降の補助は、電子カルテの普及計画などを踏まえ、電子カルテと電子処方箋を一体で導入する場合の補助として改めて検討するとしています。

同じ資料では、令和9年度に、厚生労働省が認証したクラウドネイティブ型電子カルテ製品の導入支援と、電子カルテを更新するときの、政府の医療DXサービスへの接続機能を持つ「パッケージ版電子カルテ製品」の導入支援を検討しているとし、どちらの製品も電子処方箋管理サービスへの接続機能を要件とする予定と書いています。この補助金を使うか考えるときは、こうした点や医療DXサービスへの接続機能の有無も踏まえて、電子カルテの導入・更新の計画を立てるよう周知するとしています。認証制度の状況は電子カルテの認証制度と各製品の対応状況にまとめています。

電子処方箋への対応を公式に記載している電子カルテ

電子処方箋を入れるときは、いま使っている電子カルテ・レセコンの改修が要ります。掲載している電子カルテのうち、公式サイトで電子処方箋への対応を記載している製品は次のとおりです（記載の内容は各製品のページで確かめられます）。

ほかの製品も含めて比べるときは電子カルテの比較を、開業と同時に入れる場合は開業準備中の方向けのページを見てください。無床診療所向けの情報は無床診療所向けのページにまとめています。

よくある質問

電子処方箋の補助金は令和8年10月以降に導入しても使えますか

医療機関は使えます。令和8年9月29日のワーキンググループ資料で、医療機関の補助の対象とする導入期限は令和9年3月まで延長され、令和8年10月以降に導入する診療所の上限額（27.1万円・35.9万円）と補助率（1/2）は9月までと同じとされています。薬局は令和8年9月で終わりました。

HPKIカードの取得費用も補助されますか

厚生労働省の資料では、補助の対象になる「接続・周辺機器費用」に資格確認のためのカードリーダーの導入費用は含まれますが、カードの取得費用は除くとされています。なお、電子署名はHPKIカードの電子証明書のほか、クラウド上の電子証明書を使う方法、HPKIと紐付けたマイナンバーカードを使う方法からも選べます。ただし、HPKIカードの電子証明書を使う方法とクラウド上の電子証明書を使う方法はHPKIカードの発行申請が要り、マイナンバーカードを使う方法はマイナポータルからの申請が要ります。