医療DXの補助金はどこで申請する｜医療機関等向け総合ポータルと申請先の違い【2026年】
要点
国の医療DXの補助（電子処方箋・オンライン資格確認など）は、DX審査支払機構（医療情報基盤・診療報酬審査支払機構。旧 社会保険診療報酬支払基金）が運営する医療情報化支援基金（ICT基金）などから出ており、オンライン資格確認と電子処方箋の補助の申請方法は「医療機関等向け総合ポータルサイト」で案内されています。2026年10月時点で診療所が使える代表的なものは電子処方箋の導入補助で、上限は27.1万円（院外処方機能）・35.9万円（院内処方機能も入れる場合）、補助率は1/2です。東京都の電子カルテの補助は原則jGrants、デジタル化・AI導入補助金は事務局へIT導入支援事業者と共同で申請と、申請先が分かれています。
国の医療DXの補助を出しているところ
電子処方箋やオンライン資格確認などの国の補助は、DX審査支払機構が運営する基金・補助金から出ています。DX審査支払機構（当時は社会保険診療報酬支払基金）は「地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律」にもとづいて令和元年度に医療情報化支援基金（ICT基金）を作り、令和5年度以降は社会保障・税番号制度システム整備費等補助金や地域診療情報連携推進費補助金も受け入れて、支援の業務を広げています。DX審査支払機構そのものについてはDX審査支払機構の記事で説明しています。
| 支援の業務（DX審査支払機構の案内） | 対象 |
|---|---|
| ① オンライン資格確認の導入のシステム整備 | 保険医療機関・薬局、訪問看護ステーションなど |
| ② 電子カルテ情報の標準化（電子カルテ情報標準規格準拠対応機能の導入） | 病院 |
| ③ 電子処方箋管理サービスの導入（新機能の同時導入を含む） | 保険医療機関・薬局 |
| ④ 訪問診療・オンライン診療などのオンライン資格確認（用途拡大）の導入 | 保険医療機関・薬局、健診実施機関、柔整あはき施術所など |
| ⑤ 医療扶助のオンライン資格確認の導入 | 保険医療機関・薬局 |
| ⑥ マイナ保険証の利用勧奨の協力金 | 訪問看護ステーション・柔整あはき施術所 |
| ⑦ 診察券・医療費助成の受給者証とマイナンバーカードの一体化 | 保険医療機関・薬局 |
| ⑧ 電子処方箋の導入後の新機能（院内処方・リフィル処方箋など）の追加導入 | 保険医療機関・薬局 |
DX審査支払機構の案内では、②の電子カルテ情報の標準化の補助の対象は病院です。厚生労働省の令和9年度の概算要求には、医科診療所向けの電子カルテの普及支援や、電子カルテ情報共有サービス等への接続支援が盛り込まれています（電子カルテ情報共有サービスの記事）。
医療機関の窓口は医療機関等向け総合ポータルサイト
DX審査支払機構の案内では、オンライン資格確認の導入に関する医療機関などの窓口は医療機関等向け総合ポータルサイトです。厚生労働省のオンライン資格確認のページも、導入の補助についてはこのポータルサイトを見るよう案内しています。電子処方箋の補助も、厚生労働省の電子処方箋のページが、申請方法をポータルサイトの「電子処方箋管理サービス等関係補助金の申請について」で確かめるよう案内しています。
ポータルサイトでは、オンライン資格確認の「運用開始日」も入力します。システムの導入や運用開始の準備ができたら、ポータルサイトにログインして、自施設で運用を始めた日か予定日を入れます。入力したあとは、特に手続きは要らないとされています。
電子処方箋の補助の対象の費用と申請期限は電子処方箋の補助金の記事で整理しています。申請の前に、ポータルサイトの該当する案内で最新の申請方法を確かめてください。
診療所が使える主な補助（2026年10月時点）
電子処方箋の導入補助は、第11回 電子処方箋等検討ワーキンググループの資料（令和8年9月29日）で、医療機関の補助の対象とする導入期限が令和9年3月まで延長されました。
- 27.1万円院外処方機能の上限事業額54.2万円の1/2
- 35.9万円院内処方機能も入れる場合事業額71.7万円の1/2
- 令和9年3月補助の対象の導入期限医療機関
令和9年4月以降の扱いは、電子カルテの普及計画などをふまえて、電子カルテと電子処方箋を一体で入れる補助の内容を改めて検討するとされています。電子カルテ本体の国の補助は令和9年度の概算要求の段階です（電子カルテの補助金2027の記事）。
マイナ保険証を読み取る機器については、厚生労働省のオンライン資格確認のページが次のように案内しています。
- スマートフォンを読み取る汎用カードリーダーの補助は、令和8年1月31日で終わりました
- 令和8年4月から順に発売される次期の顔認証付きカードリーダーは、本体だけでスマートフォンのマイナ保険証を読み取れるため、汎用カードリーダーは要らなくなります。厚生労働省のページは、詳しくはポータルサイトの「次期顔認証付きカードリーダーの発売開始と補助金のご案内」を見るよう案内しています
訪問診療・オンライン診療で資格確認をする仕組みは居宅同意取得型の記事で説明しています。
申請先が違う補助
医療DXに使える補助でも、国の基金以外は申請先が違います。
| 補助 | 申請先 | 記事 |
|---|---|---|
| 電子処方箋・オンライン資格確認など（国の基金・補助金） | 医療機関等向け総合ポータルサイト（申請方法の案内） | 電子処方箋の補助金 |
| 東京都の電子カルテの補助（導入費・導入前のコンサル費） | 原則 jGrants（補助金申請システム） | 東京都の電子カルテ補助金 |
| デジタル化・AI導入補助金2026 | 事務局（中小企業デジタル化・AI導入支援事業事務局）へ、IT導入支援事業者と共同で申請 | デジタル化・AI導入補助金 |
| 医療機関のサイバーセキュリティ対策の補助 | 補助ごとに異なる | サイバーセキュリティ補助金 |
東京都の補助は、国や地方公共団体のほかの補助金を充てる場合は対象外とされています。同じ費用にいくつかの補助を重ねられるかは、それぞれの要領で確かめてください。
電子処方箋や電子カルテ情報共有サービスへの対応を公式に書いている電子カルテは電子カルテの比較で、開業準備中の方は開業準備のページ、無床診療所の方は無床診療所のページで見られます。
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クラウドカルテ blanc3.0/5
亀田医療情報株式会社・電子
カルテ 料金は問い合わせクラウド電子処方箋情報共有サービス精神科・心療内科
Microsoft Azure上で動く
クラウド型の電子 カルテで、病院向け電子 カルテを長く手がけてきた会社が提供する。レセコンはORCAと連携する。 - 2
BrainBox CloudⅡ2.5/5
株式会社
ユヤマ・電子 カルテ 料金は問い合わせ無料で試せるクラウド情報共有サービス
ユヤマの無床診療所向け
クラウド型 電子 カルテで、AIを使うWEB問診（オプション）や院内 データの分析機能を持つ。ブラウザで動く カルテアプリ「BrainBox Mobile Client」も用意している。 - 3
BrainBoxV-Ⅳ2.5/5
株式会社
ユヤマ・電子 カルテ 料金は問い合わせオンプレミス情報共有サービス内科
無床診療所向けの
オンプレミス 型電子 カルテ。医薬品 データベースMDbankを標準で備え、過去分を並べる レセプト 表示やAIによる オーダー 提案の機能を持つ。 - 4
ウィーメックス
株式会社・電子 カルテ 料金は問い合わせ無料で試せるハイブリッド電子処方箋情報共有サービス
院内
サーバーと クラウドを組み合わせて使う診療所向けの電子 カルテで、レセコン 機能を一体で備える。予約・受付・検査・精算などの機器と連携でき、訪問診療など院外からも使える。 - 5
DIABRAINS1.0/5
株式会社
メディブレイン・電子 カルテ 料金は問い合わせ情報共有サービス透析
メディブレインの透析医療機関向け電子
カルテで、透析支援 システムの機能を併せ持つ。ORCA連携一覧に掲載されており、公式 サイトでは熊本県の医療法人などの導入事例を紹介している。
よくある質問
医療機関等向け総合ポータルサイトでは何ができますか
厚生労働省とDX審査支払機構が、オンライン資格確認の導入などの窓口として案内しているサイトです。オンライン資格確認の運用開始日の入力もここで行い、電子処方箋の補助の申請方法もここで案内されています。補助の財源の基金は、DX審査支払機構が運営しています。
診療所は電子カルテ情報の標準化の補助を受けられますか
DX審査支払機構の案内では、電子カルテ情報の標準化（電子カルテ情報標準規格準拠対応機能の導入）の補助の対象は病院です。厚生労働省の令和9年度の概算要求には、医科診療所向けの電子カルテの普及支援や、電子カルテ情報共有サービス等への接続支援が盛り込まれています。
汎用カードリーダーの補助はまだ申請できますか
厚生労働省のオンライン資格確認のページでは、汎用カードリーダーの補助は令和8年1月31日で終わったとしています。次期の顔認証付きカードリーダーについては、ポータルサイトの「次期顔認証付きカードリーダーの発売開始と補助金のご案内」を見るよう案内しています。
電子カルテ本体を入れる国の補助はいつから申請できますか
2026年10月時点では令和9年度の概算要求の段階です。厚生労働省の資料は、具体的な内容は今後の予算編成過程や国会審議などで変わることがあるとしています。
出典
- 医療情報基盤・診療報酬審査支払機構「医療情報化支援基金等」
https://www.hpdx.or.jp/smph/datahealth/onlinesikaku/index.html - 厚生労働省「第11回 電子処方箋等検討ワーキンググループ 資料1」（令和8年9月29日）
https://www.mhlw.go.jp/content/11121000/001753149.pdf - 厚生労働省「オンライン資格確認について（医療機関・施術所等、システムベンダ向け）」
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_08280.html - 厚生労働省「電子処方箋」
https://www.mhlw.go.jp/stf/denshishohousen.html - 医療機関等向け総合ポータルサイト
https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm - 東京都保健医療局「令和8年度 医療機関診療情報デジタル導入支援事業」
https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/iryo/jigyo/h_gaiyou/digital_dounyu - 独立行政法人中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026 公募要領（通常枠）」
https://it-shien.smrj.go.jp/pdf/it2026_koubo_tsujyo.pdf
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