電子カルテの補助金2027｜クリニックは認証製品1/2補助・パッケージ版・導入版の予定（令和9年度概算要求）【2026年】

令和9年度に予定されている3つの補助

令和9年度の概算要求には、電子カルテの導入を補助する事業が3つあります。

「上限あり」とされていますが、上限の金額は概算要求の資料には書かれていません。実施主体は厚生労働省で、DX審査支払機構（医療情報基盤・診療報酬審査支払機構）や民間事業者など（導入版はアプリ提供事業者など）に一部の事務を委託して行うとされています。

補助の対象になる製品の条件

補助の対象は、国の基準を満たした製品に限られる予定です。

• 認証製品: 標準仕様に準拠し、厚生労働省の認証を受けたクラウドネイティブ型電子カルテ。医療情報化推進方針は、政府の医療DXのサービスへの接続などを要件にした認証制度を2026年度中に作るとしています
• パッケージ版製品: 電子カルテ情報共有サービスなどの政府の医療DXのサービスに対応し、必要なサイバーセキュリティ対策を備え、ノンカスタマイズであることなどの要件を満たす製品を、国が指定します
• 導入版: 国が開発する標準型電子カルテ・導入版。紙カルテを使い続けたい医科診療所向けです（標準型電子カルテ（導入版）の記事）

第11回 電子処方箋等検討ワーキンググループの資料（令和8年9月29日）では、認証製品とパッケージ版製品のどちらも、電子処方箋管理サービスへの接続機能を要件とする予定とされています。認証の要件案と各製品の対応状況は /ninsho にまとめています。

いつから申請できるのか

申請の時期はまだ決まっていません。電子カルテ普及計画（2026年9月9日）の想定は次のとおりです。

普及計画の概要では、2027年度から認証された電子カルテ製品の導入を支援するとしています。予算が成立したあとに交付要綱や申請の受付が公表される流れになるため、2026年10月11日時点で申請の方法・期間は分かっていません。

いま使える補助

電子カルテ本体の国の補助が始まる前でも、使える補助があります。

電子処方箋の補助は 電子処方箋の補助金の記事、デジタル化・AI導入補助金は デジタル化・AI導入補助金の記事 で詳しく説明しています。東京都の事業は、国や地方公共団体の他の補助金を充てる場合は対象外です。

電子処方箋の補助について、ワーキンググループの資料は、令和9年4月以降の扱いを「電子カルテと電子処方箋の一体的な導入に係る補助の内容を改めて検討する」としています。医療機関には、令和9年度の認証製品・パッケージ版製品の導入支援も考えたうえで、電子カルテの導入・更新の計画を検討するよう周知するとしています。

入れ替えや導入を考えている診療所が確かめること

• いまの電子カルテの契約・保守の期限と、令和9年度以降まで待てるか
• 候補の製品が、電子処方箋・電子カルテ情報共有サービスへの対応を公式に書いているか
• 候補の製品の提供会社が、認証の申請やパッケージ版製品の登録を予定しているか（要綱が出てから確かめる）
• いま使える補助（電子処方箋・デジタル化・AI導入補助金・都道府県の補助）と、国の新しい補助を同じ費用に重ねて使えるか

製品の比較は 電子カルテの比較 と クラウド型電子カルテの一覧 で、開業準備中の方は 開業準備のページ で見られます。

よくある質問

電子カルテの補助金は2026年度中に使えますか

2026年10月時点で、電子カルテ本体を入れるための国の新しい補助は令和9年度の概算要求の段階で、まだ制度はできていません。電子処方箋の導入補助や、デジタル化・AI導入補助金など、目的の違う補助は使える場合があります。

認証されていない電子カルテは補助の対象になりますか

概算要求の資料では、クラウドネイティブ型の補助は認証された製品、パッケージ版の補助は国が指定する製品が対象です。それ以外の製品が対象になるかは、交付要綱が出るまで分かりません。

補助の上限額はいくらですか

概算要求の資料では「1/2（上限あり）」「定率（上限あり）」「対象医療機関規模ごとに設定」とだけ書かれ、金額は公表されていません。交付要綱で確かめてください。

補助を待つ間に電子カルテを入れ替えてもよいですか

判断は診療所ごとの契約や機器の状況によります。厚生労働省は、令和9年度の認証製品・パッケージ版製品の導入支援も考えたうえで、電子カルテの導入・更新の計画を検討するよう周知するとしています。